Kurikulum Merdeka (KM) belum sepenuhnya berjalan karena terkendala pada pendidik yang maish kebingungan memilih kurikulum sekarang atau yang sebelumnya yaitu Kurikulum 2013 yang belum sepenuhnya madrasah terapkan.
Sosialisasi kepada kepala madrasah maupun pengajar tentu memerlukan dana dan waktu yang tidak sedikit, Kementrian Agama belum mengadakan konsolidasi terkait kebijakan tersebut bersama Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan.
2. Sarana Prasarana Yang Minim
Madrasah swasta dalam hal ini belum memenuhi sarana dan prasarana secara maksimal, karena keterbatasan dan tidak seimbang antara kebutuhan dan dana yang menjadi andalan dalam beralasan.
KSKK Madrasah pernah simulasi bantuan rehab berat maupun sedang pada madrasah swasta dengan dana saat ini dan ternyata anggaran Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) Direktorat Pendidikan Islam baru dapat menerima bantuan setelah mengantri 20-25 tahun.
Pesantren sudah menunjukkan kemandiriannya dalam bekerja sama mempromosikan diri dengan pihak swasta seperti BAZNAS, Badan Pengelolaan Keuangan Haji (BPKH), World Bank yang memiliki kepedulian terhadap pendidikan madrasah. Tindakan tersebut sayangnya belum menjadi gerakan yang aktif dan menyeluruh.
3. SDM Pendidik Belum Berkompeten
Adanya formasi atau sebaran pendidik dan tendik madrasah untuk sekolah-sekolah yang kekurangan tenaga pengajar, hal ini perlu memerhatikan formulasi rasio guru sesuai rumusnya sehingga dapat terhitung jumlah idealnya.