Habibie meninggal dunia di RSPAD Gatot Subroto pada tanggal 11 September 2019 pukul 18.05 WIB. Sebelumnya, Habibie telah menjalani perawatan intensif sejak 1 September 2019. Sebelum dimakamkan, pada malam hari Jenazah B.J. Habibie dibawa dari RSPAD menuju ke kediaman Habibie-Ainun di Jalan Patra Kuningan XIII Blok L15/7 No.5, kawasan Patra Kuningan untuk disemayamkan.
Baca Juga: Potensi Penyalahgunaan Bansos Covid-19 di Bali Tinggi, ICW Nilai Pemda Bali Tidak Transparan
Ia kemudian dimakamkan di samping istrinya yaitu Hasri Ainun Besari di Taman Makam Pahlawan Kalibata slot 120 pada tanggal 12 September 2019 pukul 14.00 WIB. Upacara pemakaman dihadiri oleh Presiden Republik Indonesia Joko Widodo sebagai inspektur upacara.***