2000 – 2014 KH. M. Sahal Mahfudz
2014 – 2015 Prof. Dr. HM. Din Syamsuddin
2015 – 2020 Prof. Dr. KH. Ma`ruf Amin
2020 – Sekarang KH. Miftachul Akhyar
Baca Juga: MUI Kecam Pelaku Bom di Gereja Katedral Makassar, Anwar Abbas: Jangan Dikaitkan dengan Isu Agama
Ketua Umum MUI yang pertama, kedua, ketiga, dan kelima telah meninggal dunia dan mengakhiri tugas-tugasnya.
Sedangkan yang keempat dan dua yang terakhir masih terus berkhidmah untuk memimpin majelis para ulama ini.
MUI yang memiliki tujuan utama untuk menjadi wadah permusyawaratan dan memberikan bimbingan bagi Muslim di Indonesia dikotori oleh adanya petinggi yang terjerat kasus terorisme. Sangat disayangkan mengingat perjalanan MUI sudah sangat jauh.***